악덕 기업에서 근무하는 타케바야시 료마는 39세의 나이로 요절한다. 하지만, 천계에서 3명의 주신의 축복을 받아 이세계에서 소년의 몸으로 다시 태어난다. 숲속에서 살게 된 료마는 슬라임 연구에 몰두했고 어느샌가 1000마리 이상의 슬라임과 살게 되었다. 어느 날 숲속에서 만난 라인하르트 공작과 그의 호위 중 한 명이 큰 부상을 입은 것을 보고 치료 약을 건네고 자신의 집에서 쉬도록 일행을 초대하지만 공작 일행은 료마와 슬라임을 보고 놀라는데.

료마에게 인사를 하기 위해 공작은 선대 당주인 라인바흐, 아내 엘리제, 딸 엘리아리아를 데리고 다시 숲으로 찾아온다. 그리고 슬라임이 합체한 빅 슬라임과 료마가 계약을 했다는 사실에 놀란다. 빅 슬라임과의 계약은 불가능한 것으로 여겨져 왔었다. 게다가 신종 클리너 슬라임에 눈을 빛내는 엘리아리아는 숲에서 클리너 슬라임으로 진화할 슬라임과 첫 종마 계약에 성공하여 기뻐한다. 이어서 라인바흐에게 여행에 동행할 것을 제안받은 료마는 숲을 떠나기로 결심하는데.

료마는 세일폴에서 처음으로 방문하는 마을 기무르에 도착한다. 스테이터스 보드를 발행하기 위해 교회에 간 료마는 3년 만에 신들과 재회한다. 신조차 잊고 있던 슬라임의 가능성을 료마가 활짝 열어줘서 신종 슬라임으로 진화했다는 것과 공작 가문과 그들의 조상인 전이자에 대한 것을 듣게 된다. 그리고 엘리아리아와 함께 테이머 길드에 등록하러 가지만 종마가 슬라임이기 때문에 랭크를 올릴 수는 없어서 모험자 길드에도 가입하기 위해 료마는 전투능력 시험을 받게 되는데.

모험자 길드에서 받은 첫 의뢰를 슬라임들과 작업해서 몇 시간 만에 끝냈다. 의뢰인인 미야는 '고맙다냥'이라고 눈물을 흘리며 료마에게 감사를 전한다. 보고하러 길드로 돌아온 료마는 공동 화장실 청소 의뢰를 권유받는다. 관청이 임금을 줄이면서 아무도 의뢰를 수행할 사람이 없어 방치되어 있다고 한다. 순조롭게 작업을 진행하지만, 정화조 내에 인간의 몸과 정신에 영향을 미치는 탁기가 발생했다는 것을 알게 되는데...