진학률 및 취업률 100%를 자랑하는 도쿄도 고도 육성 고등학교에 입학한 아야노코지 키요타카. 하지만 그가 속한 1학년 D반은 왜인지 문제아들 투성이었다. 더욱이 학교에선 학생들에게 현금과 동일한 포인트를 10만엔씩 지급하고, 수업 중에 놀고 조는데도 주의를 주지 않고 방임주의로 일관하는데....

A반부터 D반까지, 학생의 능력에 따라 나눠져 배정받는 S시스템. 그 중 D반은 불량품이라 불리는 학생들이 모인 낙오자 반이다. 그들은 입학 후 한 달간 계획 없이 생활을 한 탓에 S시스템의 평가는 곤두박질 쳐져, 앞으로 받아야 할 다음달 분의 10만 포인트가 전부 소멸되었다. 빈곤한 생활을 면치 못한 채 심지어 학생들은 앞으로 있을 시험에서 낙제점을 받으면 퇴학이라는 엄격한 룰을 통보 받게 되는데....

성적이 안 좋은 학생이 많았음에도 D반은 학교측의 예상과는 반대로 중간고사에서 고득점을 낸다. 그 시험결과에는 사실 호리키타 일행의 필사적인 노력과 아야노코지의 뒷거래가 있었다. 하지만 성적이 제일 불안했던 스도가 고작 1점 때문에 낙제점을 받아 퇴학 위기에 처한다. 그 상황에서 아야노코지는 조용히 해결에 나서는데....

중간고사 후 적은 양이더라도 포인트를 얻게 된 D반은 빈곤한 생활에서 탈출하게 되어 기뻐한다. 하지만 스도가 폭행사건을 일으켜 새로운 문제가 발생한다. 스도는 정당방위라고 주장하지만 그것을 입증할 증거조차 없어 다시 퇴학 위기에 처하게 되는데....

사건의 목격자인 D반 사쿠라 아이리. 그녀만이 스도의 정당방위를 입증할 수 있지만 사쿠라는 어째선지 심의에서 증언하는 것을 거부한다. 마침내 심의 당일. 심의에는 학생회장인 호리키타의 오빠도 참석해 있었고, 스도의 변론을 맡은 호리키타는 오빠의 존재에 패닉에 빠지는데....

자주 자신의 사진을 블로그에 올리는 사쿠라. 하지만 요즘 블로그에 이상한 댓글이 달리고 기숙사엔 기분 나쁜 편지가 자주와 아야노코지에게 도움을 요청하려 하지만 타이밍을 놓쳐 털어놓지 못한다. 한편, 재심의를 앞두고 D반에게 유리한 증거를 내밀며 C반에게 고발을 취소하라고 몰아붙이는 호리키타와 아야노코지였는데....