학교에서 따돌림을 당하던 여고생 미시마 리사는 새로 전학 온 두 소년의 도움을 받게 된다. 테러 사건에 휘말리고 만 리사는 생사의 갈림길에 서게 된다.

성공적으로 도쿄도청을 폭파시킨 트웰브와 나인은 다음 테러를 암시하는 영상을 인터넷에 올린다. 문서계 소속 경찰관 시바자키는 스핑크스의 수수께끼를 푸는 데 성공한다.

나인은 경찰이 분실된 플루토늄을 스핑크스와 연관 지었을 것이라 추정한다. 형사과로 복귀한 시바자키는 실시간으로 스핑크스의 수수께끼를 풀게 된다.

가출한 리사가 걱정되었던 트웰브는 몰래 리사를 지켜본다. 스핑크스가 새로 올린 수수께끼를 풀던 시바자키는 경찰이 폭탄이 있는 곳으로 추정되는 장소를 습격했다는 사실을 알게 된다.

전철에 폭탄을 설치한 나인과 트웰브는 새로운 수수께끼를 공개한다. 수수께끼를 풀던 시바자키는 테러 장소가 연관되어 있다는 사실을 눈치채게 된다.

나인과 트웰브는 파이브가 시설에서의 경쟁을 재개하려 한다는 사실을 눈치채게 된다. 파이브는 스핑크스 행세를 하고 새로운 수수께끼를 공개한다.