종말 트레인은 어디로 향하나?

사이타마현에 있는 아가노역. 주민들에게 어떤 이변이 일어난 이 시골 마을에서 고등학생 시즈루는 하루하루를 보내고 있었다. 그러던 어느 날, 마을에 도착한 짐 속에서 시즈루는 오랫동안 찾던 친구의 단서를 발견한다.

시즈루 일행을 태운 전철이 역을 출발했다. 경치도, 마을과 마을을 잇는 레일도 완전히 변해버린 세상을 차창 밖으로 바라보면서, 요카가 있을 이케부쿠로를 향해 나아간다. 그러자 멀리서 의문의 인물을 마주한다.

이상한 동물, 이상한 당근, 골프공 같은 것과 여러 가지로부터 도망치면서, 시즈루 일행을 태운 전철은 이케부쿠로를 향해 나아간다. 하지만 그것들을 다 빠져나갔다고 생각한 것도 잠시, 아키라의 몸에 이상 징후가 나타난다.