사이타마현에 있는 아가노역. 주민들에게 어떤 이변이 일어난 이 시골 마을에서 고등학생 시즈루는 하루하루를 보내고 있었다. 그러던 어느 날, 마을에 도착한 짐 속에서 시즈루는 오랫동안 찾던 친구의 단서를 발견한다.

시즈루 일행을 태운 전철이 역을 출발했다. 경치도, 마을과 마을을 잇는 레일도 완전히 변해버린 세상을 차창 밖으로 바라보면서, 요카가 있을 이케부쿠로를 향해 나아간다. 그러자 멀리서 의문의 인물을 마주한다.

옆 역인 히가시아가노역에 도착하자, 머리에서 버섯이 자라고 있는 주민들로부터 맞이한 시즈루 일행. 추천받은 미스트 사우나와 버섯 요리까지 즐기며 여행의 피로를 풀었다. 하지만 아키라는 그들의 호의적인 주인들 때문에 모든 것이 겉보기와는 다르다는 느낌을 떨칠 수 없다.

이상한 동물, 이상한 당근, 골프공 같은 것과 여러 가지로부터 도망치면서, 시즈루 일행을 태운 전철은 이케부쿠로를 향해 나아간다. 하지만 그것들을 다 빠져나갔다고 생각한 것도 잠시, 아키라의 몸에 이상 징후가 나타난다.

가까스로 탈출한 시즈루와 레이미는 일대를 주름잡고 있는 보스에게 감금되어 있는 "닥터"를 구하러 간다. 시민들에게도 협력을 받아 어떻게든 구출한 닥터와 함께 레이미는 아키라에게로 서두른다.

모두가 전철을 아포지호라고 이름 붙인 것도 잠시, 사소한 말다툼으로 인해 시즈루는 전철에서 내려버린다. 포치는 시즈루를 따라가지만, 나데시코 일행과 헤어지게 된다.