카이메이 학교에 전학 온 텟페이는 학교생활지원부인 스켓단을 마주한다. 스켓단 부원들은 텟페이에게 동아리 가입을 강요하지만 거절당하고…, 동아리 방으로 돌아간 스켓단을 찾아온 새빨갛게 물든 텟페이?!

사무라이를 꿈꾸는 검도부 주장 타케미츠 신조는 '시합 연패'의 고민을 가지고 스켓단을 찾아온다. 그가 지구대회에서 본 실력을 발휘할 수 있도록 다방면에서 그를 돕기로 힌 스켓단! 과연 신조는 이 고난을 극복하고 사무라이가 될 수 있을까?

과거 공포의 대상이었던 전설의 오니히메 히메코. 그런 히메코의 앞에 나타난 또다른 오니히메, 그녀의 정체는?!

만화연구부의 사오토메 로망은 집에 가는 길에서 운명의 왕자님과 조우한다. 그와 다시 한 번 만나고 싶은 로망은 왕자를 찾아달라는 의뢰를 한다. 스켓단은 로망의 초상화를 단서로 왕자를 찾기로 하지만 만화지망생이라고는 생각할 수 없는 그녀의 그림 실력에 수사는 난항을 겪는다.

'소각로의 유령'은 정말 존재한다며 스켓단에 처들어온 오컬트 연구부의 유키 레이코. 하지만 귀신의 존재를 믿지 않는 스위치는 이를 부정할 증거를 찾아다니게 된다. 그러던 중 신문부의 시마다 타카코도 사건과 관련 있다는 사실을 알게 되는데... 소각로의 유령은 정말 존재하는 것일까?!

학생회 집행부의 츠바키 사스케는 놀고만 있는 스켓단을 보고 있을 수만은 없다며 동아리 폐부 통보를 한다. 때마침 들어온 유치원 연극 의뢰에 나선 스켓단과 학생회는 아이들의 평가를 두고 연극 대결을 하게 되는데…