때는 에도 막부 말기. 무라카미 수군이라는 해적의 침몰선에서 막부 해군이 전설의 보물을 인양하는 것에 성공했다. 그 보물을 가진 자는 시간을 조종하여 천하를 얻는다는 말이 돌아, 타카스기와 카츠라는 보물을 가지러 가는데.

스사노오 거성에서 타카스기가 만나게 된 사람. 그 사람은 바로 시간을 뛰어넘어 온 스사노오 12장 중 한 명인 사나다 유키무라였다. 그리고 타카스기는 성 깊은 곳에 있는 공장에서 문명이 앞서나가 있는 현장과 노동에 시달리는 백성들의 모습을 발견하게 되는데.

스사노오 거성에서 탈출한 타카스기는 카츠라, 사카모토, 이조와 합류한다. 사카모토는 시진의와 같은 시간을 건너는 힘을 가진 세이메이라는 남자를 찾고 있었다. 세이메이의 힘으로 과거로 돌아가 새로운 시대를 만들겠다는 사카모토의 말에 반발하는 타카스기였는데.

신선조가 신입을 뽑는다는 소식에 신분을 속이고 입대하기로 한 카츠라. 하지만 카츠라의 입대 시험 상대자는 신선조에서 가장 검 실력이 뛰어난 오키타였는데.

성에 있는 대포를 막기 위해 카츠라가 신선조에 들어가서 기회를 봐 성에 잠입한 뒤 인형을 움직이는 장치를 파괴하기로 계획을 세웠던 타카스기와 카츠라. 성에 잠입한 카츠라는 장치를 찾아다니던 중 사카모토와 맞닥트리게 되는데.