평범해 보이는 브루클린의 배관공이 암살당하며 FBI 뉴욕 지부 팀원들은 국경을 넘나드는 수사에 착수하지만 CIA와의 갈등이 불거진다. 한편 티퍼니는 하킴 사건 이후 현장 업무에 어려움을 겪는다.

교외에 사는 부부가 살해당하고 모든 증거가 10년째 연방 교도소에 수감 중인 이전 집주인을 가리키는 사건이 발생하고, FBI는 수사에 착수한다. 한편 OA는 군인 시절 동기와 다시 만나고 스콜라는 새로운 파트너와 합을 맞추기 위해 노력한다.

퀸스에서 일어난 연쇄 폭파 사건 이후, 갱단 전쟁이 임박하자 뉴욕 전역에 긴장감이 고조된다. 그때 OA의 옛 전우 클레이의 도움으로 FBI는 예상치 못한 강력한 적과 마주한다. 한편, 스콜라는 새 파트너를 찾는 데 고전한다.

FBI 행동분석팀 프로파일러 시드니 오르티스의 여동생이 납치 및 강간 미수 사건의 피해자가 된다. 시드니는 이소벨에게 도움을 요청하고, 흔적을 남기지 않는 치밀한 연쇄범을 찾기 위해 분투한다.

혼란스러운 대학 시위 현장에서 사망자가 발생하자, 현장을 진압하고 범인을 추적하기 위해 팀원들이 투입된다. 한편 주발은 아들 타일러가 시위대와 연행됐다는 소식에 걱정을 감추지 못한다.

비슷한 외모의 여성들이 도시 곳곳에서 잇따라 숨진 채 발견되자 연쇄 살인범을 추적하기 위해 FBI 팀원들이 투입된다. 한편 매기는 엘라의 보호자 역할과 FBI 요원으로서의 임무 사이에서 균형을 잡으려 애쓴다.