흉악범이 도심 한복판에서 인질을 잡고 총을 쏘는 농성 사건이 발생했다. 피해자들을 구하기 위해 도쿄 MER 대원들이 달려가지만 시민의 안전을 지키려는 경찰과 충돌한다. 하지만 인질로 잡힌 6살 소녀가 1형 당뇨병으로 발작을 일으킬 위기에 처했다는 정보가 들어오자 나츠메는 자신이 약을 들고 범인에게 가겠다며 자원하는데...

심장 이식 수술의 권위자인 타카나와는 어린 소녀에게 이식할 심장이 기증됐다는 말을 듣고 곧장 이식 수술을 준비한다. 적출한 심장의 보존 시간은 약 4시간. 그런데 심장을 이송하던 중, 도심 터널의 천장이 무너지는 사고가 발생한다. 보존 시간 안에 심장을 운반하지 못하면 이식 수술이 실패할 위기에서 MER이 사고 현장으로 출동한다. 하지만 2차로 무너질 가능성이 있어서 터널에 진입하기조차 쉽지 않은데...

도쿄 MER이 국민에게 인기를 끌자 민자당 간사장인 아마누마까지 나서서 MER을 없애려 한다. 가짜로 도쿄 카이힌 병원에 입원한 아마누마는 MER을 정찰하러 가려다 승강기 안에 갇히는 사고를 당한다. 아마누마와 오토와, 키타미의 동생 스즈카, 그리고 절박조산의 위험이 있는 임부. 네 사람이 갇힌 승강기에는 연기가 차오르고 설상가상으로 임부의 양수가 터지는데...