Pierce försöker knäcka ett kodat meddelande som har lämnats i en tidning av någon som kan vara inblandad i ett mord. Men tiden rinner allt snabbare när ett annat offer hamnar i livsfara.
Medan Doggetts utredning av vicedirektör Kersh stöter på problem träffar agenterna på en vacker kvinna med förmåga att stanna kvar länge under vattenytan.
Doggett försöker avslöja sanningen om kvinnan med övermänskliga förmågor som på något sätt är kopplad till att vetenskapliga försök utförs ombord på ett skepp från andra världskriget.
När en religiös kult som verkar i Kanada gräver fram ett rymdskepp som liknar det Scully upptäckte i Afrika iscensätts en ond plan att mörda baby William.
Reyes har en teori om att en mördare som allvarligt skadade Doggett kan ha kommit in i vår värld från en parallell dimension.