En serie tillbakablickar till tre år tidigare avslöjar hur Lincoln, Sucre, T-Bag, C-Note och Dr. Sara hamnade på Fox Rivers statsfängelse och vad som drev Michael att sätta samman sin komplicerade plan för att bryta ut sin dömda bror från fängelset.
Lincoln, som tror att han ser sin pappa vid avrättningen, lyckas få en två veckors uppskjutning när en domare beordrar gravöppning och undersökning av Terence Steadmans kropp. Sucre kräver in en gentjänst för att hjälpa Michael att bekräfta en ny väg till sjukrummet genom det komplicerade dräneringssystemet.
Med Lincolns avrättning planerad för följande dag kontaktar Veronica honom och lyckas samtidigt få en allierad journalist. Under tiden måste Michael hitta ett sätt att få ut Lincoln från isoleringen och fångarna riskerar allt när de försöker sig på sitt livs flykt.
Medan Michael kämpar med att minnas saknade bitar av fängelsets ritningar placerar fängelsechef Pope honom på isoleringen när han vägrar att avslöja namn. Under tiden är Sucre kvar och försöker sätta igen flykthålet i vakternas rum innan ett mattläggningsteam hittar det.
Michael försöker lista ut hur de ska få nyckeln till sjukstugan av Sara, medan Lincoln får reda på sanningen om sin pappas roll i händelserna som förstörde hans liv.
