Natsume descobre que o Livro dos Amigos, herdado de sua avó, Reiko, possui os nomes de youkai que ela derrotou, tornando-os seus servos. Ajudado por um gato que agora chama de Mestre Nyanko, Natsume busca devolver os nomes escritos no livro a seus respectivos donos.

Natsume recebe a visita de um deus local que está desaparecendo, devido à falta de devotos.

Youkai que estão sendo exorcizados imploram a Natsume por ajuda. Ele descobre um espírito gentil em Tanuma, um garoto que também sente a presença dos youkai, embora não seja tão poderoso quanto Natsume.

O segredo de Natsume é descoberto por Sasada, a representante de classe, durante o "Teste de Coragem". Ela pede pela ajuda dele para achar o youkai que vive na escola abandonada. Natsume nega o fato de que é capaz de vê-los, mas Sasada não aceitará um não como resposta. Enquanto isso, o youkai, Shigure, captura o resto dos colegas de classe de Natsume, em fúria pela destruição da escola.

Natsume encontra uma passagem de trem perdida entre os pertences de Reiko, e decide ir à estação abandonada para descobrir por que ela guardou a passagem. Lá, conhece um youkai simples, chamado Santo, que esperava pela ida de Reiko a Kiriganuma, para ver seu amigo Mikuri e desculpar-se com ele. Porém, a viagem não é simples como parece...

Natsume é possuído por uma youkai que deseja se reencontrar com um humano que a ajudou no passado. Ao descobrir sobre a existência de um quimono que pode dar forma humana aos youkai, ele ajuda a youkai a obtê-lo para rever o amigo.