Im Jahr 2045 arbeiten Major und ihr Team daran, eine abgeriegelte Stadt sicherer zu machen. Dabei haben sie es mit allen Arten von brutalen Gesetzlosen und Kleinverbrechern zu tun. Togusa bekommt einen interessanten Anruf.

Dank der Unterstützung eines reichen Förderers können sich die Nomaden neu bewaffnen. Die Verbrecher greifen Sektion Neun mit AI Drohnen an. Zur selben Zeit akzeptiert Togusa eine Mission von Japans Premierminister, der endlich Frieden will.

Während Togusa verzweifelt versucht, seine ehemaligen Teammitglieder über das Cyberspace aufzuspüren, werden diese von einer enigmatischen Organisation aus Amerika festgehalten. Die Organisation hat vor, sie bei sich einzustellen.

Während er das mysteriöse Verschwinden des Teams und den geheimnisvollen John Smith untersucht, geht Togusa ein großes Risiko ein. Währenddessen beginnen die GHOST-Mitglieder, die Hintergründe ihrer Mission zu hinterfragen.

Die Zeit wird knapp: Aramaki versucht, Kusanagi reichtzeitig einzuholen. Währenddessen müssen sich die Mitglieder von GHOST auf ihre neuen Aufgaben vorbereiten. Doch Huges Sicherheitssystem macht ihnen einen Strich durch die Rechnung.

Kurz nach der Wiedervereinigung der Sektion Neun, erfahren Kusanagi und ihre Kollegen von den sogenannten "Post-Humans", einer neuen, unbekannten Gefahr für die Menschheit. Es wird ihre Aufgabe sein, die Gefahr abzuwenden.