Les caméras de surveillance d'un immeuble de bureaux filment l'enlèvement d'une femme. La victime est une employée du service d'un fond d'investissement dirigé par le puissant Richard Morgan. Le mode opératoire rappelle celui d'un assassinat commis sur une autre jeune comptable 20 ans auparavant. Son cabinet venait d'être racheté par Morgan. A l'époque, la justice avait condamné le petit ami de la victime.
Sydney et Jack doivent arrêter Sloane et Irina pour les empêcher de mettre en oeuvre leur dangereux plan, ce qui provoquerait une catastrophe mondiale.
Après avoir découvert qu'Irina Derevko est toujours en vie, Sydney, Jack et Nadia s'efforcent de la retrouver afin d'empêcher Elena Derevko (qui n'est autre que Sophia Vargas) de mettre en branle le projet final de Rambaldi.
Sydney, Jack, Irina, Vaughn et Nadia sont les seuls à pouvoir empêcher les effets catastrophiques du plan final de Rambaldi mis en action par Sophia Vargas, alias Irina Derevko.
Irina Derevko est une partenaire surprise pour Jack et Sydney, mais leur loyauté est remise en question. Sloane est en difficulté lorsque Devlin soupçonne un ennemi à APO.