La célèbre virologue Cassandra Railly est enlevée par un homme affirmant venir du futur, James Cole. Il lui annonce qu'un homme du nom de Leland Goines va créer un virus qui anéantira la quasi totalité de la population mondiale. Cole donne rendez vous à Cassandra dans deux ans et se volatilise sous ses yeux. Personne ne veut croire à l'histoire d'un homme qui voyage dans le temps et Cassandra doit arrêter d'exercer en tant que médecin.

Jones renvoie Cole en 2015 pour qu’il rencontre Jennifer, la fille de Leland Goines, internée dans un hôpital psychiatrique. Elle passe son temps à dessiner des singes sur les murs de sa chambre et a peut-être des informations sur l’Armées des Douze Singes.

Interrogée par la police suite à l’enlèvement de Jennifer Goines, Cassandra se voit présenter une photo du groupe de scientifiques de Markridge que la jeune femme est accusée d’avoir tuée.

Les West Seven menacent d'attaquer – On découvre comment Cole et Ramse ont intégré ce groupe en 2032. Deacon ayant demandé à Cole de tuer Ramse, ils avaient décidé de s'en aller - La menace est réelle, les West Seven lancent l'assaut. Ils parviennent à entrer par des tunnels dont ils n'auraient pas dû connaitre l'existence.

Jennifer mène l'Armée des douze Singes jusqu'à la Chambre Noire. Cole est alors en 2043. Alors qu'il se prépare à retourner dans le passé, le Cœur ; le générateur alimentant la machine à fragmentation est endommagé par une surtension.

Suite à la destruction du virus dans la chambre noire en 2015, Cole est renvoyé vers un 2043 alternatif, où le complexe est contrôlé par les West Seven dirigés par Ramse. Dans cette réalité, Cole est censé être mort et la machine à voyager dans le temps n'est plus utilisée.