Pendant les vacances d'été, Ben, accompagné de sa cousine Gwen et de son grand-père Max, trouve une mystérieuse montre qu'il ne peut désormais plus enlever de son poignet. Ben découvre alors qu'il peut se transformer en dix super-aliens.

Ben doit affronter le Docteur Animo qui grâce à une invention rend les animaux géants.

Un homme appelé Jonah Melville vole les œufs du Krakken, ce qui rend le monstre fou furieux jusqu'à terroriser le lac.

Ben rend visite à sa grand-tante Véra dans un village n'abritant que des retraités, mais découvre que des aliens appelés Limax ont pris l'apparence de la plupart des résidents.

Vilgax envoie trois chasseurs de primes (Sixsix, Crabe et Tetrax) afin de récupérer l'Omnitrix. Cette mission est loin d'être facile.

Ben visite Sparksville, une ville pleine d'expositions étranges, et libère accidentellement un alien, Mégawatt, avec un sens de l'humour plutôt dangereux.