Alors que Taichi Yagami prépare son sac pour aller camper, une cyberattaque d’envergure frappe Tokyo. La ligne circulaire où circulent sa mère et sa sœur s’emballant, le jeune garçon n’écoute que son courage et essaie de les sauver.

Taichi a empêché la ligne circulaire de faire des victimes, mais il n'en a pas fini pour autant avec le Monde Digital. Une cyberattaque paralyse les infrastructures de l'armée américaine, et une ogive risque fort d'être tirée dans quelques minutes...

Une tête nucléaire s'élance vers Tokyo. À court de solutions, Taichi et Yamato utilisent leur va-tout, et un nouveau Digimon apparaît. Sera-t-il à la hauteur face à la menace ?

Taichi et ses amis débarquent dans le Monde Digital, la terre d’origine des Digimons. Sora y fera notamment la connaissance d’un nouvel ami.

Taichi, Sora et Kôshirô apprennent les origines des troubles qui frappent leur monde, ainsi que leur destin...

Dans leur fuite, l'estomac de Sora et de Taichi est attiré par un délicat parfum. Alors qu'ils s'approchent des fruits dégageant cette odeur, ils sont capturés par un groupe de Digimon obéissait à Mimi, une fillette humaine. Celle-ci révèle alors au groupe de Taichi que leur petit royaume est sans cesse attaqué par des voleurs de fruits, les Tuskmon.