En 2552, sur la planète Madrigal, des humains se battent pour leur indépendance, mais une violente attaque des extraterrestres de l'Alliance Covenante va compliquer les choses. Le Major, John-117, et ses super-soldats "Spartans" se joignent au combat. Après le combat, le Major retourne sur Reach, sa planète d'origine, avec une survivante de Madrigal et un étrange objet découvert sur la planète. Mais un ordre controversé vient faire douter John de sa mission et de lui-même.
John emmène Kwan chez un vieil ami et en apprend plus sur le mystérieux objet que les Covenant et Makee veulent voler. Face à la menace alien grandissante, Halsey a trouvé une solution pour contrôler les velléités de John.
John rencontre sa nouvelle co-équipière et découvre les secrets enfouis dans sa mémoire. Kwan veut retourner sur Madrigal pour poursuivre le combat de son peuple pour l’indépendance, mais Soren a d’autres projets pour elle. Makee met en œuvre son plan pour récupérer l’artéfact découvert sur Madrigal, ce qui aura de funestes conséquences.
Guidé par ses visions, John emmène Halsey et Cortana là où tout a commencé à la recherche de réponses concernant son passé. Avec Soren qui l'accompagne pour la protéger, Kwan part à la recherche d'une armée. Pendant ce temps, le comportement de John pousse une autre Spartan à découvrir qui elle est réellement. Miranda découvre un lien possible entre l'artéfact et quelque chose de beaucoup plus important.
En fuite et en panne en plein désert, Kwan et Soren ont une altercation. John fait une horrible découverte.
Les survivants de la bataille rentrent sur Reach. John met le docteur Halsey face à ses mensonges. La nouvelle prisonnière semble mieux connaître John qu’il ne se connaît lui-même. Déterminé à découvrir la vérité, John se tourne à nouveau vers le mystérieux artéfact, qui lui révèle des visions vraiment déroutantes.
Pablo Schreiber
Master Chief Petty Officer John-117
Shabana Azmi
Admiral Margaret Parangosky
Natasha Culzac
Spartan Riz-028
Olive Gray
Dr. Miranda Keyes
Yerin Ha
Kwan Ha