Jason, lieutenant des Navy Seals, perd son meilleur ami Nate lors d’une opération qui tourne mal. Sa hiérarchie lui impose de voir un psychologue pour surmonter cette épreuve. Jason vit également une « pause » dans son couple avec sa femme Alana et doit s’installer provisoirement chez Ray, un des membres de son unité. Pendant ce temps, la CIA pense avoir localisé un dangereux terroriste, Abu Samir al-Masri, et veut monter au plus vite une opération d’exfiltration en envoyant l’unité de Jason au Liberia.

L'unité de Spencer va s'auto-noter pour évaluer le meilleur élément dans un fonctionnement en équipe, mais lui pense qu'on veut en fait savoir qui est le plus indépendant, et il finit parmi les derniers, ce qui le force à remettre en question toute son approche. Pendant ce temps, l'unité de Jason doit s'occuper d'une usine bactériologique en Syrie, mais la situation est explosive et ils se retrouveront isolés derrière la frontière.

Clay a du mal à s’intégrer au groupe des nouvelles recrues et Jason ne lui facilite pas la tâche. Vexé d’avoir été listé parmi les cinq plus mauvais aux entraînements, Clay refuse d’écouter les conseils de Brian, son meilleur ami, qui l’invite à penser plus aux autres qu’à lui-même. De son côté, Jason continue d’enquêter sur la possible double-vie de Nate et finit par retrouver la fille qu’il suspecte d’avoir été sa maîtresse.

Oliver, un ami de Mandy, veut monter une opération pour arrêter Baljic, un criminel de guerre serbe reconverti dans le trafic d'armes. La difficulté sera de le retrouver en Estonie, où il se trouve pour assurer une livraison à un réseau Afghan. Jason propose de l'arrêter en voiture, quand il se rendra au point de rendez vous pour éviter qu'une intervention dans son hôtel n'entraine un incident diplomatique. Mais une fois sur place, il est reconnu par l’un des gardes du corps de Baljic avec qui il a travaillé en Afghanistan. Il tente alors un coup de bluff en faisant croire qu'il quitte le pays avec Ray par un vol international, mais en réalité, il rejoint son équipe pour lancer l'opération.

La Seal Team est envoyée au Soudan du Sud pour assurer la protection des ressortissants américains et la sécurité de l’ambassade des Etats-Unis alors que le pays se retrouve à feu et à sang après l’organisation de la première élection présidentielle de son histoire, marquée par des fraudes massives et des actes de rébellion.

Après la mort de Brian, Adam demande à Spencer de l'accompagner en Californie pour l'annoncer à la famille. Sur place ils découvrent que Brian n'avait en fait plus aucune famille. Sa mère est morte et son père a fini en prison. Il a donc menti en faisant croire qu'il avait des proches, pour se donner un semblant de normalité, mais il est en réalité passé par un orphelinat. Pendant ce temps, l'unité Bravo doit travailler avec l'unité Charlie, commandée par Beau, avec qui Jason a un lourd passif.