Dans le premier épisode de la série, le Capitaine Tom Chandler et l’équipage de l’USS Nathan James font voile pour l’Arctique avec à bord deux virologues civils, les Drs Rachel Scott et Quincy Tophet (SAM SPRUELL), qui prétendent étudier les oiseaux. Des forces russes rebelles attaquent soudainement, et Chandler apprend qu’en réalité, les scientifiques ont pour but de recueillir des échantillons d’un virus mortel qui a éliminé plus de la moitié de la population mondiale depuis qu’ils ont pris la mer. Alors qu’ils sont sur le chemin du retour, obéissant aux ordres donnés par ce qui reste du gouvernement des États-Unis, l’équipage se rend compte que le monde qu’ils vont retrouver ne sera que l’ombre de celui qu’ils ont laissé, et que leur navire en haute mer est l’endroit le plus sûr où développer un vaccin.

Le Nathan James affronte un nouvel ennemi qui réclame que Chandler lui remette Rachel et son travail de recherche. Chandler refuse et son équipage est mis à l’épreuve alors qu’il tente une série de mesures stratégiques. Mais il s’avère que ce nouvel ennemi a de bonnes raisons de s’engager dans la course au vaccin.

Rachel est à un point crucial du développement de son vaccin. Avec Chandler et XO Slattery, elle mène une petite expédition dans la jungle du Nicaragua, à la recherche de singes pour les essais du vaccin. Mais ils tombent sur un ancien caïd de la drogue aux ambitions de dictateur, prêt à tout pour garder la mainmise sur sa petite société. Chandler et ses hommes sont aux prises avec un dilemme moral de taille : doivent-ils éliminer ce personnage répugnant ou se contenter de prendre ce dont ils ont besoin et continuer leur mission ?

Après les horreurs du Nicaragua, la panique envahit le navire quand le Lieutenant Danny Green (star de la série TRAVIS VAN WINKLE) présente des symptômes d’une maladie mystérieuse qui pourrait bien être le virus. Chandler commence à ne plus croire en Rachel et ses essais cliniques défaillants et doit maintenant gérer un équipage mécontent et agité. S’il ne parvient pas à maintenir l’unité, la mission tout entière est en danger.