I sopravvissuti temono che "Gli Altri" possano essere ritornati, quando Sun si ferisce durante un fallito tentativo di rapimento. Nel frattempo, sale la tensione tra Jack, Locke, Kate e Ana Lucia sul controllo del computer della botola.
Ora che la loro posizione segreta è stata compromessa, "Gli Altri" abbandonano l'accampamento, portando Locke con loro, e lasciandosi alle spalle Juliet, ammanettata a Kate nel bel mezzo della giungla.
Mentre Neal approfondisce il mistero del Codice, Peter affronta un caso di spionaggio con un altro agente dell'FBI: la sua ex fidanzata.
"Gli Altri" effettuano una sadica operazione chirurgica su Sawyer per impedirgli di creare altri guai.
Kate prende misure estreme per salvare la vita di Ben quando Jack rifiuta di aiutarla; Kate è costretta a dire la verità sulla sua menzogna per proteggere Aaron.