Bones viene coinvolta in un'indagine dell'F.B.I. per scoprire l'assassino di una ragazza massacrata quasi due anni prima. Grazie alla sua abilità nell'interpretare indizi sui resti umani, la dottoressa Brennan indirizza le indagini verso la giusta soluzione.

Brennan e il suo team sono sulle tracce di un terrorista.

Il cadavere di un ragazzo viene trovato appeso a un albero come se il giovane si fosse impiccato. Booth e Brennan sono in disaccordo in quanto per l'agente dell'FBI si tratta di omicidio, mentre Brennan crede più probabile un suicidio. Le indagini portano alla luce una grottesca verità...

Booth e la dottoressa Brennan vengono inviati in una piccola cittadina di montagna per indagare su alcuni resti umani nello stomaco di un orso. Con grande sorpresa, si accorgeranno di essere alle prese con un caso di cannibalismo...

Viene ritrovato il corpo defunto di un bambino stuprato. Grazie al temperamento di Bones, che si ritrova ad avere un dialogo quasi materno con il fratello minore della vittima, si viene a conoscenza del nome dell'autore dell'omicidio.

Bones ed Angela si ritrovano coinvolte in una quasi rissa in una discoteca, che porterà la scoperta di una mummia nascosta dietro al muro della console. Si indaga sul mondo del rap e dell'hip pop.