Dopo aver passato un tranquillo primo anno di liceo, Haruka e Makoto incontrano a scuola Nagisa, il quale faceva parte del loro stesso club di nuoto ai tempi delle elementari. Quel club sta per essere demolito, quindi entrano di nascosto per recuperare la capsula del tempo che avevano sotterrato. In quell'occasione incontrano Rin, il quarto membro della squadra di quei tempi che si era trasfe...

Makoto e Nagisa restano con il fiato sospeso mentre assistono alla sfida tra Haruka e Rin. Tuttavia, Rin sembra una persona completamente diversa. Intanto Nagisa convince gli altri a fondare un club di nuoto e ad aiutarli ci sarà anche Gou, la sorella minore di Rin.

Il club di nuoto Iwatobi ha bisogno di un quarto nuotatore per poter partecipare alle staffette. Nagisa ha posato gli occhi sul suo compagno di classe Rei, il quale fa parte del club di atletica leggera. Nonostante Rei rifiuti più volte di iscriversi al club di nuoto, Nagisa non sembra avere intenzione di arrendersi.

Il club di nuoto Iwatobi è ora al completo.Tuttavia un piccolo problema li attende all'orizzonte. Visto che la causa sembra essere il costume di quella persona, tutti quanti decidono di accompagnarlo a comprare un nuovo costume.

Haruka e gli altri membri del club decidono di organizzare un ritiro estivo per allenarsi in vista delle provinciali. Ogni membro del club segue il proprio allenamento, tuttavia Rei si scoraggia perché non riesce a tenere il passo con gli altri. Per questo, tornerà a nuotare nel mare nella notte.

L'accaduto mette nei guai tutti i membri del gruppo, ma questo li porterà anche a ragionare su cosa li spinge a nuotare. Quando Rei chiede a Makoto il perché del suo strano comportamento, Makoto rivela al gruppo un episodio del suo passato.