FBI捜査官が謎の失踪を遂げた。やがて、その居場所を透視出来るという神父が現れる。神父の指摘した雪中からは、切り落とされた人間の腕が発見された。しかし、その腕の持ち主は失踪した捜査官のものでは無かった……。FBIは事件の異常性を感じ、かつてX-ファイルを担当していたモルダーとスカリーに協力を要請する。果たして神父の透視能力は神から授かった奇跡なのか？　それともトリックなのか？　奇跡の能力を信じたいモルダー、科学的裏付けが無いと否定するスカリー。二人は反目しながらも事件の核心へと迫る。やがて、新たな失踪事件が発生、事件は予想もしない方向へと進んでいく……。