ゴッサムを揺るがす連続爆破事件。バットマンは敵対する犯罪組織のボス、ルパート・ソーンとペンギンの縄張り争いの渦中に身を置くことになる。一方、ゴードン本部長と娘のバーバラは、ゴッサムの腐敗した刑事司法制度を内部から立て直す方法を模索する。

華やかな映画スターが姿を消し、バットマンとモントーヤ刑事は撮影スタジオに出没する謎の復讐者の思惑に巻き込まれる。

大富豪の父親が刑務所に入り、お金に困ったセリーナ・カイルは、スリルを求めて大胆なキャットウーマンとして犯罪に手を染めるが、これまで有罪にはならずに済んできた。バットマンは彼女の犯罪を終わらせる計画を練る。一方、2人の悪徳刑事は彼女が9つの命を一挙に使い果たすのを見届けようとする。

ゴッサムの富豪たちが何者かに誘拐され、洗脳されている。誰が何の目的でそのようなことをしているか、バットマンは突き止めねばならない。バーバラ・ゴードンは友人の一人が誘拐に関与しているのではないかと疑い始め、その捜査の課程でダークナイトと出会う。

ゴッサムで連続強盗事件が発生し、バットマンは犯人が墓から蘇った者ではないかと考え、調べを進める。一方ハービー・デントは、極悪非道な筋から選挙資金の寄付の申し出を受け、そのモラルが試される。