ヒックの活躍によって、ドラゴンが敵ではないと知ったバーク島のバイキングたちは、ドラゴンと共存し始めていた。だが、ドラゴンたちが人間の食糧を食べたりトラブルが続き、島の住人たちは不満を爆発させ...。

ドラゴンの訓練所“ドラゴン・アカデミー”が開設され、ヒックたちは訓練を開始する。そんななか、職を失っていたドラゴン退治の武器を作るゲップは、ヒックの計らいでストイックの右腕として仕事を始めるが...。

ヒックたちは、森で見たこともない小さなドラゴンを発見する。けがをしているようなので、ヒックが家に連れて帰ることに。“トーチ”と名づけられたそのドラゴンは、トゥースの分のエサも食べ、寝床も占領する。

ドラゴンの訓練中に、スノットとフックファングがミルデューの家に墜落し、屋根を壊してしまう。それを知ったストイックは、ヒックたちに屋根の修理を命じる。そんなある日、村人のブーツが盗まれる事件が発生し...。

ミルデューの計略でぬれぎぬを着せられ、島から追放されるドラゴンたち。ヒックはミルデューの悪事の証拠を掴もうとするが、見つけられない。そんな時、反逆者・アルビンとその一味がバーク島に攻めてくる。