CSI：ニューヨーク

2人の女性の死体が発見された。彼女達は絞殺され、首には挫傷が。被害者の死亡時刻はほぼ同じ。捜査班は、これは同一犯の仕業ではと睨む。捜査を進めるうち彼らは、3番目の被害者を見つける。 珍しい神経疾患を患い、両目以外の全身の筋肉がマヒした彼女は、会話をすることが出来ない。犯人の情報を聞き出そうとする捜査班に彼女は、瞬きで何かを伝えようとするが…。

レイプされ、血だらけになって逃げ出してきた被害者。犯罪現場は、300ヘクタールもの広さのセントラルパーク。被害者は記憶を失っており、彼女から採取された精子から犯人は無精子症だということが発覚する。DNAも採れず、犯人逮捕は遠のいたかと思われた。何としてでも犯人を特定するため、CSI達は全力で捜査を続ける。残された証拠が語る、衝撃の事実とは!

タイムズスクエアを観光中のツアーバスの中で、10年以上も前に死亡したと見られる男性の白骨死体が見つかる。最初は旅行者を驚かすためのいたずらだと思っていたステラだったが、骨は本物の人骨だと発覚し、本格的な捜査が始まる。矯正されたらしき歯や頭蓋骨の傷などから、骨は行方不明になっていた10代の男性のものだということが分かる。様々な技術を駆使し、捜査官達は骨を調べあげる。

DJコンテストで優勝したまさにその夜、DJバナーが会場のナイトクラブの路地で死体となって発見される。ニューヨークで最高のDJと称されていた彼は、事件のほんの数日前に新しいプロダクションと契約を結んでいた。一方で、著名なファッション･デザイナーの死体が自宅のプールで見つかり、ステラとダニーは捜査を始める。調べを進めるうちに、フグ、スシ、毒、マニキュアなど、数々の奇怪なキーワードが浮かんでくる。

マンハッタンから地下200メートルのトンネルで、作業員の男性の遺体が発見される。彼の持ち場は地上だったにも関わらず、地下で死んでいたという不自然な点に目をつけた捜査員達。一方で、ブランド物に身を包まれた16歳の女子高生の 死体が見つかる。性的暴行を受けた形跡はないが、毒物反応の検査で、彼女はかなりの量の酒を飲んでいたことが発覚。彼らの死に隠された、歪んだ人間関係とは…。

とあるカフェで、従業員達が死体となって発見される。彼らは銃で撃たれ、頭にはポリ袋が被せられていた。残された証拠から内部の犯行の可能性が強まるが、捜査官達は容疑者を見つけることが出来ず頭を抱える。一方、男性のものと思われる切断された脚が発見される。後に脚の持ち主が見つかるが、彼はすでにベッドの中で息絶えていた。彼の脚を切断した犯人は一体何者なのか!?