CDC所属のピーター･ファラガット、サラ･ジョーダン、カイル･ソマー博士は客船のデッキで発生した謎の感染症の調査に乗り出す。サラが船室で発見した唯一の生存者レイラは、感染症が起こる前、神秘的な島に立ち寄ったことを伝える。CDCチームは調査のために、外界との交信も脱出も不可能な孤島へ降り立った。一方30年後の世界で、ジュリア･ウォーカーが一人、島に到着し、独自の調査を始めるのだった。