記憶を失った男、ジンは謎の女エレアから赤い眼鏡型のアイテムを手渡され、この世界を救うよう懇願される。自分が特殊捜索チーム、DEUSの一員だと知った彼は侵略を企むエイリアンを追い詰めるが、そこに巨大エイリアン・ガルキメスが現れ…。

未確認飛行物体による誘拐事件が続発していた。不明になった女性を事件直前に乗せたタクシー運転手によると、女性は「船が出る」と言っていたという。ジンは、3日前にバーで会った男から「船」に誘われたことを思い出す。

脳が異常収縮した死体が相次いで発見された。被害者は皆、ホープレスと呼ばれる住所不定者だったが、なぜか直前に金回りが良くなっていた。ジン達は、「いい仕事あるよ」と声をかけてきた男･タマルを不審に思い、タマルの秘密工場の潜入調査を開始する。

人間が突如ミイラ化して変死する事件が頻発していた。ジンとケイは、潜入捜査を専門とするエージェント･エスと調査を開始する。被害者は皆、シャイナー05というケミメディックを購入していた。商品を開発した会社の社長が隠している黒い箱の正体は…?

アルファケンタウリ星系のエイリアン･チャムダ星人が地球に亡命してきた。DEUSは彼らの性質や身体能力から、侵略の危険性はないと判断した。しかし新たに野獣のようなエイリアンの飛来が確認され、事態は思わぬ方向に!

仕事に追われ疲れきっている青年･タカオ。少年時代から宇宙の神秘に憧れ、宇宙への夢をつのらせていた彼の部屋に謎の光の塊が現れ、永遠の宇宙の旅へと誘いをかける。記憶を失う前にタカオと知り合いだったジンは、彼のもとへ駆けつけるが…。