이야기는 3세기 쿠마소에서 시작된다. 쿠마소에는 불새의 피를 마시면 영생을 얻게 된다는 전설이 있었다. 우라지는 위독한 아내 히나쿠를 살리기 위해 불새에게 달려들지만 죽고 만다. 히나쿠의 동생 나기가 슬픔에 잠겨 있을 때, 해변에서 구즈리라는 낯선 이방인이 발견되는데…

야마타이국의 여왕, 히미코는 불로불사를 열망하며 불새를 손에 넣으려 한다. 사루타히코는 포로로 데려온 나기를 사냥꾼으로 키운다. 어느 날 나기가 여왕에게 화살을 쏘려 했다는 사실이 발각되고, 사루타히코는 얼룩벌 굴에 갇히는데...

여왕 히미코의 명을 받은 야마타이국 군사들이 쿠마소로 향한다. 그들 중에는 불새를 잡기 위해 고용된 활의 명수 유미히코도 있었다. 한편, 낯선 기마 군단이 나타나 쿠마소를 습격한다. 나기와 사루타히코는 죽을 위기에 놓이는데...

기마 군단으로부터 도망쳐 나온 나기와 사루타히코. 나기의 앞날을 걱정한 사루타히코는 나기를 쿠마소로 돌려보내고 자신은 야마타이국으로 돌아간다. 그러던 중 기마 군단이 야마타이국으로 쳐들어오는데…

먼 미래, 인류는 병든 지구를 떠나 우주에서 살기로 한다. 지구 재생 임무를 맡은 레오나는 연구 시설에서 발생한 폭발 사고로 뇌의 50퍼센트를 잃는다. 하지만 인공두뇌를 이식하는 수술을 받고 목숨을 건지는데...

메디컬 센터에서 도망친 레오나와 치히로는 폭발 사고가 일어났던 장소로 향한다. 불사조에 대한 정보를 알아내려는 램프는 둘을 집요하게 쫓는다. 레오나는 옛 지구의 모습을 보며 잃어버린 기억을 조금씩 되찾아가는데...