수사 5과는 범죄자들을 잡기 위해 신분을 숨기며 수사하는 특수 수사대이다. 한편, 삼 년간 정 선생 조직에 잠입해 있던 태인의 신분이 발각되자, 팀장인 무원은 광견과 건우를 새로 팀에 들이고, 건우는 정 선생의 조직에 잡입하는 임무를 맡게 된다.

정 선생은 건우를 의심하지만, 태평이 몸에 술을 뿌려 술을 마신 대리 기사로 착각하게 만들게 하고, 정 선생은 술을 마시고 대리운전을 하는 경찰은 없다며 건우에 대한 의심을 잠시 거둔다. 하지만 곧 정 선생은 민태인을 붙잡고 건우에게 그를 죽이라고 지시한다. 이에 건우는 평소 친분이 있던 민태인을 죽여야만 자신이 사는 곤란한 상황에 부닥친다.

한 치도 물러설 수 없는 절체절명의 순간에서 맞닥트린 건우와 태인! 목숨을 건 태인의 과감한 선택으로 수사 5과는 한 차례 위기에서 벗어나게 된다. 정선생의 숨통을 완전히 틀어쥐기 위해, 한 건물에서 은밀한 위장 잠입 작전에 들어가는 건우와 수사 5과 멤버들. 수사 5과는 과연 완벽한 잠입이라는 목표를 이뤄낼 수 있을까?

수사 5과는 정식 멤버로 합류한 건우와 함께, 의문의 살인 사건을 비밀리에 조사하기 시작하는데. 하지만 누군가가 의도적으로 파 놓은 함정에 걸려들고야 마는 수사 5과! 일분일초가 급박한 위기의 순간, 수사 5과는 어떤 선택을 내릴 수 있을 것인가?

환상적인 팀플레이로 위기의 순간을 벗어나는 건우와 무원, 그리고 수사 5과! ‘고스트’의 무거운 존재감을 실감한 수사 5과는 새로운 위장 잠입 작전에 들어간다. 완벽한 위장으로 사건의 실마리를 잡으려는 찰나, 한 외국인의 변사체가 발견되며 사건은 다시 혼란에 빠진다. 설상가상으로, 작전을 수행하던 민주는 급기야 목숨을 잃을 위기에 처하는데..! 어둠 속에 갇힌 수사 5과, 그들 앞에 펼쳐질 결말은 무엇일까!

서로를 향한 믿음으로 멋지게 사건을 해결하는 수사 5과! 하지만 국정원 국장 대현과 무원 사이엔 갈등의 골이 깊어져 간다. 대현은 태인의 ‘고스트’를 향한 집념을 미끼로 거부할 수 없는 제안을 하고, 태인은 수사 5과를 위한 운명의 갈림길에 서게 된다. 한편, 건우와 무원, 수사 5과의 존재를 눈엣가시처럼 여기는 적대 세력이 나타나 무원을 압박하는데.. 수사 5과 일생일대 최대의 위기를 벗어나기 위한 작전이 펼쳐진다!