수상한 종교 집단 교주의 아들인 우라베 유키토는 말도 안 되는 수행 중에 목숨을 잃고 이세계로 환생했다. 그곳은 '신'이나 '종교'라는 개념이 없는, 유키토에게 있어서는 이상적인 세계였는데.

알랄과 실릴이 목숨을 건지게 되면서 활기를 되찾은 카쿠리 마을 사람들. 하지만 유키토는 황도 측이 이 사건에 대해 조사하기 시작했다는 걸 듣게 되었다. 이에 유키토는 전능한 신인 미타마의 힘만 있으면 어떻게든 될 거라고 낙관적으로 생각했었는데

미타마의 힘으로 원래 세계로 돌아온 베르트랑은, 성별이 여성으로 바뀌고 말아 황도에 돌아가 봐도 다른 사람으로 오해받아 쫓겨나고 말았다. 갈 곳이 없어지고 만 베르트랑을 상대로 유키토는 상냥하게 손을 내미는 듯했는데.

콤바인에 수도, 전기라는 근대 설비들을 미타마의 힘으로 만들어 내 카쿠리의 문명 수준을 비약적으로 발전시킨 유키토. 그렇게 계획대로 신자의 수는 늘어나는 중이었지만, 그런 상황에서 황도에서 한 수수께끼의 소녀가 자객으로서 나타나게 되었는데.

클렌은 스스로를 '로키'라고 소개하며 자신이 실은 아르콘의 한 축이라는 것을 밝혔다. 그리고 로키는 유키토와 미타마를 황제 앞으로 데리고 갔다. 거기서 기다리고 있었던 건 이 세계를 지배하는 '초과학'의 존재였는데.

황국의 지배로부터 해방된 것에 더해 아타르와 동맹까지 맺게 된 미타마 교단은 순조롭게 신자 수를 늘려나갔다. 그런 가운데 유키토는 신을 자처하며 신자 수 1만 명에 달하는 대규모 교단을 이끄는 아르콘 '다키니'에 대한 소문을 듣게 되었는데.