외과의사 진은 약혼녀 수술에 실패한 죄책감에 시달리다 수술을 피해 당직 의사로 전전한다. 어느 날, 신원불상의 응급 환자를 쫓다 계단에서 떨어져 진은 130년 전 과거로 돌아간다.

에도에 또다시 콜레라가 나돌고, 미나카타는 자신의 행위가 역사를 거스를까 두려워 치료법을 모른다고 거짓말하지만 타에의 아들인 키이치가 콜레라에 걸리자 갈등하기 시작한다.

결국 미나카타는 오카다에게 치료법을 알려주고, 조정에서도 콜레라 치료를 적극 지원하기로 결정한다. 하지만 정작 치료에 전념하던 미나카타 자신이 감염되어 쓰러지고 만다.

서양 의약소에서 의술을 가르치던 미나카타는 어느 날 료마에게 이끌려 에도 최고의 기녀 노카제를 만나고, 그녀가 약혼녀 미키와 똑같이 생겼음에 놀라움을 금치 못한다.

미나카타는 노카제의 선배 기녀 유기리가 매독에 걸려 페니실린 없이는 목숨이 위험하다는 사실을 알아내고, 서양 의학소 사람들과 사키의 도움으로 페니실린 만들기에 도전한다.

페니실린을 만드는 데 성공한 미나카타는 신과 같은 의술로 추앙받지만, 의학관의 타키는 그를 향한 의심을 거두지 않는다. 그러던 중, 의학관의 후쿠다가 갑작스런 복통으로 쓰러진다.