때는 전국시대. 다이고 영지의 주인 '카게미츠'는 영지의 번영을 위해 귀신들과 거래하고, 대가로 태어날 자식을 건네였다. 시간이 흐르고 어느날, 요괴에게 습격당하던 어린 도둑 '도로로'는 전부 만들어진 몸을 가진 수수께끼의 소년에게 도움을 받는다.

도로로와 햣키마루는 반다이라는 여성이 다스리는 마을에 방문한다. 햣키마루는 갑자기 그녀 앞에서 검을 뽑고, 마을 사람들에 의해 광에 갇혀 버리고 만다. 그런데 그 광 안엔 또 다른 선색이 있었는데....

의사 주카이는 각지를 돌며 전쟁으로 상처 입은 사람들에게 의수와 의족을 달아주고 있었다. 그는 어느 날 강에서 여기저기가 빠진 아이를 줍게 되고, 빠진 몸을 주고 키운다. '햣키마루'리는 이름이 붙은 그 소년은 자신의 몸을 되찾는 여행을 떠난다.

도로로와 햣키마루는 살인마 타노스케와 대치한다. 그가 휘두르는 검은 귀신이 깃든 저주받은 요도였다. 타노스케는 겨우 물리치지만 도로로의 손에 검이 넘어가면서 요도에게 조종당하게 된다.

익숙하지 않은 '소리'에 시달리다 요괴와의 싸움에서 상처를 입은 햣키마루는 미오라는 소녀와 만난다. 미오는 낡은 절에서 전쟁에서 부모를 잃은 아이들을 돌보고 있었고 햣키마루도 신세를 지게 된다. 하지만 햣키마루는 근처에 귀신이 있다는 것을 알고 상처도 다 낫기 전에 퇴치를 하러 나선다.

귀신에게 목소리를 되찾았지만 도로 다리를 뺏기고 만 햣키마루. 낡은 절로 돌아와 상처를 치료한 후 다시 귀신에게 도전한다. 한편 미오와 아이들이 있던 낡은 절에는...