머나먼 미래, 기계 백작에게 엄마를 잃고 홀로 메갈로폴리스의 빈민가에서 살아가던 10살 소년 테츠로는 어느 날 나타난 의문의 여인 메텔로부터 은하철도 999호 탑승권을 받는다. 메텔과 함께 기차에 몸을 실은 테츠로는 999호의 종점이자 무료로 기계화된 몸을 얻을 수 있는 안드로메다 행성을 향해 긴 여정을 시작한다.
에피소드 1
출발의 발라드
서기 2221년, 은하철도 999를 타면 영원한 생명인 기계 몸을 무료로 받을 수 있다는 소문을 듣고 테츠로는 엄마와 함께 메가로폴리스로 향한다. 그러나 엄마는 인간 사냥꾼인 기계 백작의 손에 희생되고 눈보라 속에 쓰러진 철이는 메텔이라는 수수께끼 여인의 도움으로 목숨을 건진다. 메텔은 자신과 동행하는 조건으로 은하철도 999의 무기한 승차권을 내미는데...
에피소드 2
화성의 붉은 바람
은하철도 999는 첫 정차역인 화성에 도착한다. 그리고 주점 주인의 딸인 프레메의 안내로 화성 구경에 나선 테츠로. 그러나 이 모든 건 테츠로의 승차권을 빼앗기 위한 플레메의 계획이었다. 플레메의 애인인 제로니모는 테츠로에게 승차권을 빼앗고, 총에 맞은 테츠로는 쓰러지고 만다.
에피소드 3
타이탄에 잠든 전사
소행성 터널에서 엄마로 둔갑한 악마에게 공격당한 테츠로는 식당차에서 알게 된 유리 몸을 가진 종업원, 클레어의 도움으로 목숨을 건진다. 그 후 정차한 곳은 토성의 위성 타이탄. 그러나 개인의 자유를 철저히 보장받는 타이탄에서 메텔이 납치되고 만다. 테츠로는 메텔을 구하기 위해 포도 계곡으로 향하는데...
에피소드 4
대도적 안타레스
999 열차에 잠입한 우주 도적 안타레스는 테츠로와 메텔을 인질로 잡은 후 기관실로 향해 열차의 궤도를 자신의 집으로 향하도록 변경한다. 이에 은하철도 관리국이 발칵 뒤집힌다.
에피소드 5
방황하는 별의 섀도
기계가 된 인간들의 몸을 보관하는 얼음 묘지, 명왕성에 도착한 테츠로는 시내 밖을 나가지 말라는 메텔의 말을 잊고, 얼음 묘지에서 관리인인 섀도를 만난다. 섀도는 자신의 아름다움을 영원히 간직하기 위해 기계 몸으로 바꿨지만 만족하지 못했고, 그녀는 테츠로의 영혼을 빼앗아 예전 모습으로 돌아가려고 한다.
에피소드 6
혜성 도서관
혜성의 집합소인 혜성역에 내린 테츠로는 정차 시간을 때우기 위해 지구에서 팔던 모든 책이 있는 서점에 들어간다. 하지만 그곳에서 어떤 남자의 시비로 찰과상을 입는다. 게다가 치료를 위해 병원을 찾은 테츠로는 기계 몸으로 바꿔야 한다는 의사의 터무니없는 진료로 수술을 받을 위기에 처한다.
Masako Ikeda
이치류사이 하루미
노자와 마사코
키모츠키 카네타
이노우에 마키오
토타니 코지
타지마 레이코
다카기 히토시
니시자와 노부타카
린타로
마쓰모토 레이지