내 사명은 노래로 모두를 행복하게 해주는 것.' 사상 최초의 인간형 자율 AI로서 만들어져 복합 테마파크 '니아랜드'에서 활동하는 비비. '노래로 모두를 행복하게 해주는 것'이라는 사명을 부여받은 비비는 스테이지에서 노래를 하던 중 마츠모토라고 자신을 소개한 AI를 만난다. 당황하는 비비에게 마츠모토는 '함께 역사를 바꿔서, 100년 후에 일어날 AI와 인간의 전쟁을 막아달라'라고 말하며 비비에게 협력을 요청하는데...

여기서부터 당신의 백 년 여행이 시작되는 겁니다.' 100년 후에 일어날 AI와 인간의 전쟁, 전쟁이 일어나는 원인 중 하나인 정치가 아이카와 의원의 죽음. 그 비극을 회피하기 위해 움직이는 비비와 마츠모토는 아이카와 의원을 급습한 반AI 사상을 가진 테러리스트 집단 '토아크'와 대치하게 된다. 하지만 노래하기 위해서 만들어진 비비가 그들에게 대항할 수단은 없었고, 토아크의 맹공에 점점 궁지에 몰리게 되는데...

부디 안심하시고 별들과 이야기를 나누시기 바랍니다.' 아이카와 의원 테러 사건으로부터 시간이 흘러 비비의 무대에는 이전과 비교하여 청중이 많이 찾아오게 되었다. 그러던 어느 날 다시 비비의 앞에 나타난 마츠모토는 다음 역사의 싱귤래리티 포인트로 우주 호텔 '선라이즈'를 거론하고 승선할 것을 요청한다. 비비는 자신의 원래 사명과의 차이에 갈등하지만 마츠모토와 함께 우주로 올라가게 되는데...

이 아이는 반드시 무사히 지구로 돌려보낼 겁니다.' 우주 호텔 '선라이즈'를 지상으로 떨어뜨리려는 AI 에스텔라. 하지만 비비는 에스텔라와 지내면서 마츠모토의 정보와 그녀에 대한 인상에서 차이를 느껴 의문을 품게 된다. 그러던 중 마츠모토의 예상보다 더 빠르게 선라이즈의 컨트롤을 빼앗기게 된다. 혼란 속에서 비비는 승객들과 모모카의 동생 유즈카를 구하기 위해 움직이기 시작하는데...

당신의 미소를 지키고 싶어요. 당신은 AI를 사랑하니까요.' '선라이즈' 사건 이후 비비의 무대에 찾아오는 관객은 날이 갈수록 늘어나고 있었다. 그러던 어느 날 비비의 앞에 다시 나타난 마츠모토. 그는 AI의 발전이 기존 역사보다도 가속하고 있다고 말하며, 그 흐름을 막기 위해 해상 무인 플랜트 '메탈 플로트'의 기능 정지를 새로운 임무로 설정한다. 비비와 마츠모토는 메탈 플로트 건설에 참여했던 연구자를 찾아가는데...

감사히 받을게요. 앞으로 오래도록 잘 부탁드려요.' 사에키 박사에게 받은 정지 프로그램을 사용해서 '메탈 플로트'를 정지시키려 했던 비비와 마츠모토. 하지만, 프로그램은 시설 AI들의 폭주를 일으켰고, 섬을 공격하려면 토아크를 요격하면서---[AI가 인간을 공격했다]라는 사실이 발생한다. 비비 일행은 공격당한 토아크의 멤버를 구조하고 섬의 폭주를 저지하기 위해 섬 중앙으로 달려가는데...