Een reeks explosies schrikt Gotham op. Batman bevindt zich in een oorlog tussen misdaadbazen Rupert Thorne en de Penguin. Ondertussen zoeken commissaris Gordon en zijn dochter Barbara naar manieren om de corruptie in het rechtssysteem op te lossen.

Als een glamoureuze filmster verdwijnt, raken Batman en rechercheur Montoya verstrikt in het duistere web van een mysterieuze wreker die rondspookt in de studio's.

Nadat haar steenrijke vader de gevangenis in gaat en haar zonder geld achterlaat, wendt de dilettante Selina Kyle zich tot de misdaad. Als de dappere Catwoman weet ze de wet steeds weer te ontduiken. Batman broedt op een plan om haar misdaden te beëindigen terwijl twee afvallige rechercheurs erop toezien dat ze al haar negen levens in één keer gebruikt.

Als burgemeester Jessop een taskforce samenstelt om Batman te pakken, krijgt rechercheur Montoya de leiding. Rechercheurs Flass en Bullock nemen het heft in eigen handen in een poging Batman in de val te lokken, waarbij ze Gotham in gevaar brengen.

Iemand ontvoert en hersenspoelt rijke, machtige mannen in Gotham. Batman moet uitzoeken wie en waarom. Als Barbara Gordon begint te vermoeden dat een van haar vrienden erbij betrokken kan zijn, komt ze in botsing met de Dark Knight.

Na een reeks overvallen in Gotham worstelt Batman met de mogelijkheid dat de dader misschien uit het hiernamaals komt. Ondertussen wordt Harvey Dents moraal op de proef gesteld als een gulle campagnedonatie uit een kwaadaardige hoek komt.