In 2257 CE, Babylon 5 is put into orbit in a distant galaxy. The first mission of Babylon 5, a peace conference between four alien races, appears doomed when an ambassador is attacked and the commander is implicated as the assailant. Pilot episode.

Les relations entre les Narns et les Centauris se dégradent après que le régime Narn ait pris le contrôle de Ragesh 3, une colonie Centauri...Le commandant Sinclair doit gérer la situation sur la station. Le gouvernement Centauri a envoyé un nouvel assistant à l'ambassadeur Mollari: Vir Cotto. Babylon 5 accueille également sa nouvelle télépathe commerciale: Talia Winters. Mais le nouveau lieutenant-commandant, Susan Ivanova, ne semble pas très heureuse de son arrivée...Garibaldi de son côté, enquête sur des attaques menées par un commando (les Raiders) visant différents vaisseaux de transport.

Babylon 5 accueille son nouveau docteur: Stephen Franklin. Mais l'arrivée d'un "chasseur d'âmes" crée la panique sur la station, d'autant plus que celui-ci ne se contente pas de prendre l'âme des personnes qui viennent de mourir: afin de récupérer les âmes plus vite, il tue les personnes lui-même. Et sa prochaine victime est l'ambassadeur Delenn...Mais heureusement Sinclair viendra à son secours.

L'ambassadeur Mollari tombe amoureux d'une danseuse Centauri: Adira Tyree. Il découvrira par la suite qu'elle avait été chargée de voler ses dossiers pourpres, dans le but de les revendre à l'ambassadeur G'Kar...Lorsqu'Adira finit par refuser de trahir Londo et s'enfuit, Mollari demande l'aide du Commandant Sinclair afin de la retrouver et de la sauver...Le chef de la sécurité Garibaldi cherche à découvrir qui utilise de manière illégale le Canal Or...

Le professeur Vance Hendricks arrive sur Babylon 5 avec des éléments non identifiés provenant de la planète non habitée Ikaara 7. Il vient demander l'aide du Docteur Franklin afin de découvrir la nature de ces artéfacts. Après que son assistant, Nelson Drake, ait malencontreusement activé l'un d'entre eux, il se transforme en une sorte de machine tueuse bio-organique: son rôle est de détruire tout ce qui génétiquement n'est pas pur Ikaarien...

Afin de promouvoir la paix et la compréhention entre les peuples, Babylon 5 organise un ensemble de cérémonies où chaque peuple, ou groupe, pourra présenter ses rites religieux. Alors que Sinclair retrouve Catherine Sakai, une ancienne flamme, G'Kar doit, de son côté, démasquer un assassin qui a mis sa tête à prix. Il fait également la connaissance de Na'Toth, sa nouvelle assistante.