Le cadavre d'une femme est retrouvé deux ans après sa mort, délibérément coulé au beau milieu d'un cimetière militaire de Washington. Pour les besoins de l'enquête, l'agent Booth du FBI sollicite l'aide d'une fouine, l'anthropologue Brennan du fameux Institut Jefferson qu'il aime surnommer Bones.

Hamid Masruk, un diplomate du Moyen-Orient est tué dans l'explosion d'une voiture. Brennan et Booth doivent déterminer si l'homme était un terroriste kamikaze ou bien la victime d'un meurtre.

Brennan et Booth enquêtent sur la découverte du cadavre d’un garçon de 14 ans, retrouvé pendu dans le parc d'une école prestigieuse. Leurs investigations vont les mener vers un secret mêlant trahison, sexe et chantage.

Brennan et Booth se rendent dans une petite ville de l'état de Washington pour enquêter sur un bras humain découvert dans l'estomac d'un ours mort. Leurs recherches vont les conduire sur les traces d’un meurtrier cannibale.

Le corps d'un jeune garçon qui a été violé et assassiné vient d'être découvert dans un terrain vague. Booth appelle Brennan pour retrouver le meurtrier, mais les recherches s’avèrent plus difficiles que prévues.

Une bagarre dans une boîte de nuit conduit à la découverte du corps récemment momifié d'un DJ très à la mode, apparemment décédé d’une overdose. Mais Brennan et Booth, eux, soupçonnent un meurtre.