La vie en tant que nouveau dans le lycée peut être difficile, mais encore plus quand vous essayez de contrôler vos nouveaux pouvoirs de fantôme ! Voici la vie de Danny Fenton, alors qu'il commence à s'habituer aux conséquences d'un accident de laboratoire qui l'ont rendu moitié-garçon, moitié-fantôme ! Quand l'ami de Danny, Sam, convertit la cafeteria de l'école en un menu végétarien recyclé, Danny doit affronter la dame de cantine Fantôme !

Quand le niveau scolaire de Danny baisse à cause de ses activités extrascolaires fantomatiques, il appelle ses amis Sam et Tucker pour l'aider à remonter la pente. Pendant des heures sup' en biologie à étudier un cas rare de gorille en activité, Danny se retrouve hanté par Skulker, un fantôme en armure bien décidé à l'ajouter à sa liste d'envoutés. Avec l'aide de ses amis, le gorille et l'invention de Tucker, Danny bat Skulker, arrive à l'heure, et remonte sa note à un "C" - ce qui est moins bien que ce qu'il avait espéré !

Danny est sur le point d'aller à son premier bal avec son amourette ultime, Paulina - une fille très populaire mais très superficielle - qui est avec lui uniquement pour rendre jaloux Sam, qui ne l'apprécie pas du tout. Pendant ce temps, Danny découvre qu'il a le pouvoir de se désincarner et de prendre n'importe quelle apparence humaine, ce qui se révèle utile quand son père, Jack, est convoqué afin de discuter avec ses professeurs de son avenir. Le plan tourne mal quand son professeur, M. Lancer, invite le "faux" père à danser.

Danny est invité pour la première fois à une fête "branchée" organisée par la star du foot Dash Baxter. Il doit donc s'acheter des habits cool et mais pour cela, il a besoin d'argent. Quelle meilleure idée alors que de vendre les vieilleries de ses parents ? Le plan semble marcher, jusqu'a ce que Nicolai Technus décide d'utiliser tous les gadgets fantomatiques pour former un robot-fantôme géant. Danny déjouera le plan avec l'aide de ses amis Tucker et Sam, en apprenant qu'il y a des choses qu'on ne peut pas acheter grâce à l'argent, comme une vraie amitié.

Après plusieurs disputes avec Dash (la brute du lycée), Danny utilise ses pouvoirs pour se venger.

Quand un fantôme permet à Tucker d'accéder aux pouvoirs fantomatiques qu'il convoite, Danny doit faire face à la jalousie la plus puissante qu'il n'ait jamais connu. Il doit affronter son ami.