Un an après la fusion des 16 royaumes mystérieux de Ninjago, Arin explore le Carrefour avec son ami Sora et participe à une course. Ils observent un dragon nommé Riyu chassé par Rapton et un affrontement avec les Chasseurs de Dragons.

Lloyd libère Arin et Sora du train-prison et ils s'échappent avec Riyu, le jeune dragon, qui leur donne un indice pour retrouver sa maison.

Lloyd entraîne Arin et Sora en se faisant passer pour Maître Wu, mais ses leçons ne passent pas. Sora et Arin s'échappent donc du monastère pour se rendre au carnaval de Crossroads et sauver Lobbo de Kreel.

Le Bounty s'écrase sur le Monastère sans pilote et des indices conduisent Lloyd, Arin, Sora et Riyu au dernier endroit où se trouvait Kai, l'ancien Royaume de la Folie, où ils trouvent des créatures de boue qui attaquent deux dragons.

Pour sauver le Royaume des Nuages, les Ninjas doivent travailler ensemble pour renvoyer une terrifiante bête à tentacules d'où elle vient et fermer le Mergequake.

Sora pense qu'une mission à Imperium est le seul moyen pour les Ninjas de détruire un Photac, une bête technologique indestructible.