MacGyver se rend dans un laboratoire de recherches clandestin pour y tester le nouveau système de sécurité. Mais le système se dérègle et devient autonome, piégeant sa créatrice, Jill Ludlum, et MacGyver dans son labyrinthe.

Après avoir réussi sa dernière mission, MacGyver en profite pour jouer au hockey avec des professionnels. Mais Peter vient lui demander de résoudre une affaire d'espionnage international, pour laquelle il devra s'associer avec un ancien arnaqueur.

MacGyver, Peter et Joanne Remmings, une experte de la fondation Phénix, préparent une opération d'envergure. Ils vont en effet tenter de soutirer de l'argent à un arnaqueur, qui a lui-même abusé de la confiance d'un de leur collègue et ami.

Paul Chan, quatorze ans, est le fils d'un ami de MacGyver. Pour le sauver du destin inquiétant que lui réserve une légende vieille de quelques centaines d'années, MacGyver doit faire face à de dangereux Chinois et à de puissantes superstitions.

L'avion d'une équipe d'intervention de la CIA, commandée par le fils du Vice-président, disparaît des radars avec un prisonnier. Les calculs de Mac conduisent l'équipe Phoenix sur une île du triangle des Bermudes à la recherche de survivants.

Travaillant pour la Fondation Phoenix, MacGyver est appelé à l'aide dès qu'une situation l'exige. Adepte de la non-violence, il n'utilise que son intelligence, sa malice et son couteau suisse pour venir à bout de complots.