Le maître Jedi Yoda et trois clones troopers Jjeck, Thire et Rys doivent faire face à l'apprentie du Comte Dooku, Ventress et sa massive armée de droïdes afin de prouver que les Jedi sont assez forts pour protéger une planète stratégique et ainsi signer un traité pour la République.

Une attaque menée par une nouvelle arme Séparatiste oblige le maître Jedi Plo Koon et ses clones troopers à lutter pour leur survie jusqu'à ce qu'Anakin et Ahsoka puissent les trouver.

Avec l'aide de sa Padawan Ahsoka et du maître Jedi Plo Koon, Anakin utilise un escadron de bombardiers Y-wing pour mener une attaque contre le vaisseau de guerre du général Grievous, le Malveillant, et son canon destructeur.

Padmé Amidala et C-3PO sont pris en otage par le général Grievous, laissant Anakin et Obi-Wan contraints d'aller secourir la sénatrice et ainsi compléter la destruction du Malveillant.

Seuls sur un arrière-poste éloigné, les officiers Rex et Cody doivent pousser de nouvelles recrues à croire en elles-mêmes pour mettre un terme à une invasion d'un commando droïdes.

R2-D2 est perdu durant une féroce bataille spatiale et Anakin doit le retrouver avant que les Séparatistes découvrent les secrets militaires Jedi contenus dans sa mémoire de données.