Une nouvelle équipe Stargate dirigée par le docteur Elisabeth Weir découvre l'accès à la cité perdue d'Atlantis. Mais si Sheppard et ses hommes ne trouvent pas un générateur assez puissant la cité sera broyée par l'océan...

Isolée dans la galaxie inconnue l’équipe Stargate-Atlantis est confrontée à un ennemi terrifiant les Wraith. Le major John Sheppard lance une mission de sauvetage pour libérer ses compagnons captifs.Il fait connaissance avec Teyla une belle jeune femme dont le peuple oppose une fière résistance aux Wraith.

Le Dr Mac kay se porte volontaire pour expérimenter le gène activateur de la technologie des Anciens. Il déchante vite lorsqu'il se retrouve incapable de désactiver un bouclier individuel qui le rend certes invulnérable mais incapable de s'alimenter. Entre temps au cours d'une partie de cache-cache deux nfants Athosiens ouvrent un module de contention libérant une entité emprisonnée depuis des siècles.

Alors qu’il couvre son équipe en plein combat contre les Wraith le major Sheppard est blessé par un alien symbiote : Une espèce de gros insecte qui s’accroche à son cou et paralyse son corps en se nourrissant de sa force vitale. Au décollage les Wraith endommagent le Jumper créant une panne mécanique. L’équipe se retrouve coincée dans l’horizon (des évènements). Ils n’ont que 38 minutes avant que la porte des étoiles se ferme.

L'équipe du major Sheppard est attaquée par les Wraiths lors de la plupart des missions exploratrices. Le docteur Weir et le sergent Bates en déduisent qu'un informateur est présent sur Atlantis. Les soupçons se portent sur les Athosiens mais le major Sheppard prend la défense du peuple de Teyla...

Sheppard et son équipe atterrissent sur une planète ou il n'y a que des enfants.Il semblerait que leur jeunesse a empêché les wraiths de les attaquer. Mais le docteur Mackay découvre un EPPZ dissimulé dans des ruines et décide de le rapporter sur Atlantis pour en vérifier les capacités.