Un gruppo di ecologisti radicali appende una mummia sul cancello di una centrale elettrica. Ben presto si scopre che la mummia è coperta di sangue...
Il team sta lavorando sul caso che coinvolge uno squalo nel cui stomaco hanno trovato dei resti umani. In aiuto alle indagini arriva un'esperta biologa marina che trova Booth molto attraente.
Il Jeffersonian viene requisito da un gruppo di agenti governativi che ordinano al team di scoprire la causa della morte di un cadavere top secret. Booth, con l'aiuto del suo capo, riesce a intrufolarsi nel laboratorio per scoprire cosa sta succedendo.
Sheldon si dà per malato in modo da evitare una prova di nuoto a scuola. Nel frattempo, il dottor Sturgis osserva di nascosto il nuovo fidanzato della nonna.
"Gretchen, la fidanzata di Alan, insiste affinché riveli la sua vera identità a Larry. Nel frattempo, Walden parte per un viaggio insieme a Jenny e Barry per vedere la sua prima auto."
