映画「羊たちの沈黙」の“バッファロー･ビル事件”から1年後、クラリス･スターリングは、連続猟奇殺人事件の捜査のため、FBIのエリート部隊に加わることになった。

クラリスと特別捜査班“ViCAP”は、テネシー州ベイレイトンに向かう。そこでは武装グループが連邦捜査官を射殺し、緊迫した膠着状態に陥っていた。

クラリスは、スリーリバー殺人事件の殺し屋を雇った黒幕が誰なのかを突き止めようと決意する。一方、ルース･マーティンは、殺し屋に早急に自白させるよう、クレンドラーに依頼する。

FBIのフィールドオフィス内で容疑者が暗殺されたことで、クラリスとViCAPは、クレンドラーのライバルであるアンソニー･ハーマンにより捜査されることになる。

クラリスは、医療を使った連続殺人犯マリリン･フェルカーによって薬物を投与され、病院のベッドに監禁されてしまう。クラリスはこの頭脳明晰な医師を出し抜けるのか?

マリリン･フェルカーとの試練を乗り越えたクラリスは、再び事件の捜査に加わるためにルース･マーティンを訪ね、バッファロー･ビル事件以来、初めてキャサリンに会う。