過去一世紀に渡り、気にも留められず見くびられ、あるいはその存在を跡形もなく地上から消されていた少なくとも4400人の人たち。不可解なことに彼らが全員、年を取らず何が起こったのかも覚えていない状態で、同時にデトロイトへと戻って来た。政府が急ぎ事態を調査し、潜在的な脅威を分析してデマを封じる中、親身なソーシャルワーカーのジャレルと無情な保護観察官のキーシャは、招集された当局の担当官たちと共に、この不可解な難民たちの対応に当たる。

待遇の悪さに失望していた4400は、新たなルールが設けられたことでさらに不快感を募らせる。アンドレとラドンナは、クローデットが新しい能力の限界を試す手助けをする。キーシャとジャレルは、帰還者たちのストレスを緩和する方法を模索。シャニースに思いがけない来客がある。一方、牧師は自分が神の思し召しの一部であると信じるようになるが、それは残りの4400にとってどのような意味があるのだろうか。

ラドンナは世間の注目を集める役割を買って出るが、大した反響がないことにすぐ気付き、思いもよらない情報源に頼って自分の計画を進める。ジャレルはまずいタイミングで真実を話したことから、大きな代償を払いそうになる。全員が普通の生活を取り戻そうとする中、アンドレは医学の道に戻ることを望む。シャニースは娘との関係修復に向けて一歩前進し、ハイデンとミルドレッドは即席のパーティーを楽しむ。

4400のうち数人にようやく吉報が届く。アンドレは新たな仲間たちを研究しようとするが、過去の過ちの影響を現在でも受け始める。牧師は息子についての情報を見つける。

キーシャは姉を亡くした日の真実を知り、思い切った行動に出る。シャニースとアンドレは1日外出を楽しみ、ハイデンとマライアは親しくなる。

ジャレルとキーシャは4400の身の安全を図ろうと、必死で彼らの信頼を得ようとする。ハイデンはラドンナとアンドレを説得してイプシー病院へ向かい、牧師は信徒を増やしていく。