폐비 윤씨의 폐위 사건 당시 궁중 암투에 휘말려 부모를 잃은 장금이는 수랏간 궁녀로서 궁궐에 들어가 중종의 주치의인 최초 어의녀가 된다. 장금이는 수랏간에서 쫓겨났다가 의학공부를 해 다시 궁으로 돌아오지만 죽음의 고비를 맞고, 관원들의 반대를 무릅쓰고 올곧음과 정의를 내세워 어의녀의 자리에 오른다.