강력한 대국 브리타니아와의 전쟁이 끝난 지 7년 후, 브리타니아의 황족 를르슈 람페르지는 자신의 신분을 숨긴 채 이제는 에어리어 11이라고 불리는 일본에서 살아간다. 그러던 어느 날, 테러 행위에 휘말린 그는 오랜 친구인 스자쿠를 마주하는 한편, 알 수 없는 장치에서 등장한 초록 머리 소녀로부터 특별한 능력을 부여받는다.

상대방의 정신을 조종하는 능력을 얻은 를르슈는 자신을 버린 조국 브리타니아에 복수하기 위해 거대한 로봇 병기인 나이트메어를 빼앗아 반란군을 이끌기 시작한다. 뛰어난 전술로 전투를 이어가던 를르슈는 남다른 전투력을 가진 나이트메어 란슬롯을 마주한다.

배다른 형제인 클로비스를 마주한 를르슈는 어머니의 억울한 죽음과 관련된 정보를 얻어낸다. 그 후 학교로 돌아간 그는 같은 반 학생인 카렌이 테러 세력에 가담했다는 것을 알게 되고, 새롭게 얻은 능력의 한계를 깨닫는다. 한편 스자쿠는 클로비스 총독을 죽였다는 누명을 쓰고 체포된다.

살인죄를 뒤집어쓴 스자쿠는 공개 처형을 당할 위기에 처한다. 한편 를르슈는 제로라는 이름의 존재로 카렌과 동료에게 접근하여 스자쿠를 구할 계획을 제시한다. 처형 당일, 제로는 군중 앞에서 파격적인 선언을 하는 한편, 죄인 수송을 맡은 순혈파 귀족 제레미아의 정신을 조종한다.

집으로 돌아온 를르슈는 죽을 줄만 알았던 초록 머리 소녀 C.C.와 마주한다. 호송 사건 이후 브리타니아에 대항하는 반란은 계속되고 제레미아의 권위는 바닥으로 추락하면서 혼란이 가중된다. 한편 석방된 스자쿠는 우연히 황녀 유페미아를 만나 함께 시간을 보낸다.

를르슈가 다니는 학교로 전학을 가게 된 스자쿠는 일본인이라는 이유로 브리타니아 출신 학생들에게 따돌림을 당한다. 총독의 자리에 오른 코넬리아는 계속되는 반란을 무자비하게 진압한다. 한편 어딘가에서 나타난 고양이가 제로의 가면을 가져가면서 를르슈는 정체를 들킬 위기에 처한다.