브리타니아 제국의 속령이 되어 에어리어11로 불리는 일본. 브리타니아인들의 학교 애쉬포드 학원에 다니는 를르슈는 신주쿠 게토에서 테러리스트와 브리타니아 군인의 전투에 휘말려, 브리타니아군에 소속된 옛 친구 쿠루루기 스자쿠와 재회한다. 하지만 두 사람의 앞에 어떤 소녀가 나타나면서 비극이 일어난다. 브리타니아군에게서 소녀와 를르슈를 지키려했던 스자쿠는 총격을 당하고 만다. 비탄에 잠긴 를르슈에게 소녀는 어떤 능력을 부여했는데.

신주쿠 게토에 나타난 테러리스트들 중에 애쉬포드 학원의 학생인 카렌이 있었다. 카렌 일행을 브리타니아군의 포위망에서 벗어나게 하려는 를르슈. 의문의 소녀로부터 받은 능력을 써서 브리타니아군의 나이트메어를 탈취하고 카렌 일행에게 지시를 내리기 시작했다. 그리고 생소한 외관의 향도 병기 랜슬롯이 나타난다. 다른 기체와 달리 전투 능력이 높은 랜슬롯. 탑승자는 앞서 지하 철도 안에서 총격을 당했던 스자쿠였는데.

신주쿠 게토에서 궁지에 몰린 자신들을 구해준 수수께끼의 남자와 재회한 카렌. 자신을 제로라고 소개한 남자의 정체는, 를르슈였다. 제로는 카렌을 비롯한 일행 중 몇 명의 힘을 빌려 클로비스 황자 살해 용의로 군사 법정으로 향하는 스자쿠를 구하려 한다. 수많은 브리타니아인이 지켜보는 가운데 자신이 클로비스 황자를 살해한 진범이라고 말하는 제로. 수수께끼의 소녀로부터 받은 힘으로 스자쿠를 구해냈다. 하지만 스자쿠는 그것을 거부하고 다시 군사 법정으로 돌아가겠다고 말했는데.

제로를 붙잡기 위해 본격적으로 움직이기 시작하는 브리타니아군. 를르슈는 애쉬포드 학원 안 자신의 방에서 c.c.와 재회했다. 그녀는 를르슈에게 기아스라는 신비한 능력을 부여해 준 소녀였다. 당황하는 를르슈를 신경 쓰지 않고 c.c.는 를르슈의 방 안에 눌러앉는다. 한편, 석방된 스자쿠는 유피라는 여성과 만난다. 유피를 신주쿠 게토로 안내한 스자쿠는 그곳에서 브리타니아군 순혈파 간의 전투에 휘말리게 되었는데.

애쉬포드 학원으로 스자쿠가 전학을 왔다. 살아서 재회한 를르슈와 스자쿠. 하지만 클로비스 황자 살해 용의자였던 스자쿠를 브리타니아인 반 친구들은 환영하지 않았다. 그러던 중, 를르슈에게 큰일이 일어난다. 방에서 숨겨 두고 있었던 제로의 가면을 빼앗긴 것이다. 범인을 쫓아간 를르슈. 를르슈의 수상한 모습에 미레이를 비롯한 학생회 멤버들은 전교의 학생들을 총동원해 범인을 찾으려고 했는데.