Avocat dans l'un des plus grands cabinets de New-York, Michael Clayton arrange discrètement les affaires embarrassantes de ses clients. On lui confie le dossier douteux d'une puissante firme agrochimique. Lorsqu'il découvre que cette multinationale sans scrupules est prête à faire des millions de victimes pour s'enrichir, il ne peut plus échapper au choix qui s'impose à lui : étouffer la vérité ou la faire éclater, au péril de sa vie...