Dans la première de la série, la découverte de Jane Doe laisse planer un grand et épineux mystère qui saura immédiatement attirer l’attention du FBI ; un mystère qui poussera l’agence à suivre la carte dessinée sur son corps vers un vaste complot criminel tout en aidant la protagoniste à découvrir la vérité sur son identité. L’agent spécial Kurt Weller et son équipe du FBI doivent décoder la carte d’indices tatouée sur le corps de Jane Doe afin d’empêcher une attaque terroriste meurtrière. Qui est Jane Doe – est-elle un atout ou une ennemie ? Qui a effacé sa mémoire ? Et qui se cache derrière ses tatouages cryptiques ?

L’équipe déchiffre un tatouage cryptique qui les oriente vers le major Arthus Gibson (star invitée Robert Eli), un pilote de l’armée de l’air avec un passé sombre et un dessein meurtrier. Jane continue de rechercher des indices sur son identité et est prise d’angoisse lorsque les flashbacks d’un souvenir troublant la forcent à s’interroger sur son passé. Entre temps, Weller pense avoir découvert la véritable identité de Jane.

Le tatouage SEAL de Jane l'oriente vers un criminel qui pourrait avoir des informations sur son passé. Alors qu'un groupe de voleurs notoires a presque réussi le casse parfait d'une bijouterie, un des voleurs, ayant le même tatouage Navy SEAL que Jane, est capturé sur la scène du crime. Cet homme connaît-il Jane ? Entre-temps Jane reçoit une visite, et un étrange avertissement de l'homme robuste mystérieux (star invitée Johnny Whitworth) de son premier souvenir. Weller et Mayfair s'interrogent de plus en plus sur le rôle de Jane dans l'équipe.

L’agente Patterson (star de la série Ashley Johnson) et David (star invité Joe Dinicol), son amoureux expert en puzzles, trouvent un indice dans un tatouage qui mène l’équipe au Centers for Disease Control (CDC). Une fois au CDC, l’équipe découvre un message caché sur le corps de Jane et met à jour un complot qui pourrait avoir des conséquences catastrophiques à l’échelle mondiale. Pendant ce temps, Jane et Weller se rapprochent.

Après qu’une prise d’otage apparemment classique ait révélé de profondes ramifications internationales, la CIA et le FBI tentent d’appréhender en premier le même criminel au sombre passé. Tom Carter (star invitée Michael Gaston) exprime son inquiétude quant à la fiabilité de Jane, ce qui provoque des frictions avec Bethany Mayfair et met à rude épreuve la loyauté d’Edgar Reade envers l’équipe. Sa rencontre avec la famille de Kurt Weller se révèle bouleversante pour Jane alors qu’elle est aux prises avec des problèmes identitaires.

Jane commence à se sentir enfermée avec les affaires du FBI et sans vie privée ni passe-temps extérieur, et d'un autre côté, Mayfair rappelle à Weller de rester objectif avec Jane. Une nouvelle affaire apparaît, lié à un tatouage : le logo d'une application de localisation des véhicules gouvernementaux qui a permis à un commando d'abattre un émir de passage.